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黄巾农民起义领袖张角，巨鹿(今河北巨鹿)人，是太平道的首领，为了组织发动农民起义，他与弟弟张宝张梁通过传播太平道向广大群众作了长期的思想动员和组织训练，张角自称"大贤良师",他以治病作为传道的手段。治病的办法是，让病人在他面前跪拜首过",就是让病人毫无顾忌地倾吐心里话，以消除郁闷，解除痛苦：然后喝经过画符念咒一可能放了某些药物的水，张角用这种近乎神秘的巫医结合的办法成功地治愈了许多人的病，深受群众的信赖和拥护，张角传道治病灵验的消息越传越广，越传越神，给灾难深重的农民心上点燃了希望的火花，人们从各地纷纷投奔张角甚至"弃卖财产，流移声赴，填塞道路，未至病死者，亦以万数",张角吸收了许多徒众，为了扩大影响，他还派弟子们到各地传教，"以善道教化天下"，十几年间，徒众达数十万，遍布在青徐、、冀、荆、扬、充、豫等八州。
随着参加太平道教的人数不断增多，张角把徒众组织起来，分成三十六方，各方大小不同，大方万余人，小方六七千人，各方都有领导人，称"渠帅"、"犹将军号也"方都听从张角指挥，同时又是一支相对独立的作战部队，这在我古代农民战争史上是一个创举张角大规模传播太平道，组织群众，引起了东汉政府内一些官史的答觉。他们预感到，如果听任太平道继续发展，后果将不堪设想，面应采取坚决的措施予以制止。司徒杨赐上书指出，张角等遭大也不售改，势力不断发展，如果现在下令州都速，恐怕变找，反会加速祸患的爆发，现在最好的办法是严格命令地方长官："简别流人，各护归本都，以孤弱其党，然后诛其渠帅，"即对授海张角的外地人，要遗送原籍，以孤立太平道的首领，然后进行杀，按这个计划，东汉政府要大量安置流民，这显然做不到，故计划未得施行。
光和六年(公元183年)，侍御史刘陶、奉车都尉乐船等人再次上书，惊呼;张角的党羽已经不计其数，风闻他们还曾潜入首都察看朝政，图谋不轨，地方官有顾虑，都不肯报告实际情况应该公开下诏，以封侯重赏收买张角，地方官胆敢回避则与张角同罪，但这一计划又因宫廷内部忙于争权夺势而被搁置。
东汉统治阶级的麻痹为张角发展农民武装造成了宝贵的契机，张角抓紧做起义前的各项准备工作，为使起义一举成功，他提出了"苍天已死黄天当立，岁在甲子，天下大吉"的口号，作为起义的行动纲领和斗争目标，口号中的苍天是指东汉王朝，黄天则指即将建立的农民革命政权，"苍天已死，黄天当立"是指春季木气消失，土气到来的那一天，这一天正是甲子日(中平元年也是甲子年)。这里，聪明的张角巧妙地利用人们熟知的推算节气的方法，公布了发动起义的时间一"岁在甲子，天下大吉"既合情，又合法，难怪东汉政府没有察觉出来!
起义口号确定后，张角便派他的弟子们在京城和各州都的官府、寺庙门上用白粉写上"甲子"两个大字，作为起义信号，起义提前发动，中平元年(公元184年)二月，酝酿已久、规模空前的农民大起义爆发了1农民起义爆发后，张角称天公将军，为最高统帅。张宝称地公将军，张梁称人公将军。起义军头裹黄巾为标志，被称为黄巾军，起义军声势浩大，铺天盖地而来，人数多得数不清，统治阶级诬称为蚁","旬日之间，天下响应，京师震动。"起义军都是由贫苦农民组成，他们到处焚烧官府，捕杀长吏，攻打豪强地主聚居的城池坞壁，那些平日欺压百姓的官吏和豪强地主闻风丧胆，抱头鼠窜黄巾军迅速席卷了长江以北的广大地区，并对京师洛阳形成了包围黄巾起义爆发后，东汉政府惊恐万状，急忙采取一系列措施镇压起义军。
首先下令各州郡"修理攻守，简炼器械",阻止起义军发展。接着任命外戚何进为大将军，统帅近卫军镇守洛阳，并在洛阳周围的函谷、大谷、广城、伊阙、旋门、孟津、小平津八个险要关口设置都尉，派重兵防守。任命皇甫嵩、朱俜、卢植等人为中郎将，分别率兵镇压黄巾军。汉灵帝还宣布取消党锢，赦免党人，以缓和统治阶级内部的矛盾。外戚、宦官、官僚士大夫暂时联合起来，共同镇压农民军。各地的豪强地主也纷纷修筑坞堡，武装自己的部曲家兵，与农民起义军对抗农民起义虽然声势浩大，但是毕竟缺乏政治军事斗争经验，起义爆发后，张角未能控制住整个局势，本来很有组织的农民起义军，被东汉军队分割成若干支，彼此失去了联系，孤军奋战。
当时农民军与政府军分别在三个战场展开了殊死决战。战斗在洛阳附近的是波才领导的颖川黄巾军，他们先将前来镇压的朱打得大败又将皇甫嵩围困在长社(今河南长葛东北)，形势对农民军非常有利。但农民缺乏经验，没有及时地集中兵力攻城灭敌，反而错误地后汉书·皇甫离传将营房搭扎在草木丛中，犯了兵家大忌。皇甫嵩抓住农民军这一致命弱点，便在一天夜里趁风纵火，袭击起义军，义军伤亡很大，余部退至阳翟(今河南禹县)附近，又遭皇甫嵩袭击，颖川军至此失败在川黄巾与东汉军队搏斗之时，张曼成领导的南阳黄巾击杀郡太守褚贡，将郡治宛城包围达一百多天。张曼成在一次战斗中不幸牺牲，起义军又拥立赵弘为首领，队伍人数增加到十几万，经过艰苦激烈的战斗，终于攻下了宛城。
东汉政府忙派朱围攻宛城，黄巾军坚守数月。赵弘阵亡，韩忠继为首领。他意志薄弱，被敌人的大举进攻吓昏了头脑，战败投降被杀。起义军撤至西鄂精山溃散黄巾军的第三个战场是在冀州地区。这一带农民军由张角亲自指挥，占据了广宗城(今河北威县东)先是北中郎将卢植率强悍部队多次强攻，不能取胜。东汉政府又另派"凶悍难制"的东中郎将董卓顶替，但董卓在英勇善战的冀州黄巾面前也屡遭败绩，又被朝廷革职。八月，汉灵帝改派在镇压豫州黄巾中立有"战功"的皇甫嵩赶到冀州，与农民军再做较量在这关键时刻，张角病故，张角的弟弟张梁继续统领农民军与官军战斗，多次击溃了皇甫嵩的进攻后张梁滋长了骄傲轻敌的思想，被皇甫嵩偷袭，张梁和上万名农民军壮烈牺牲，冀州黄巾的主力被敌人打败。
皇甫嵩为了邀功请赏，残忍地挖开张角的棺墓，取出首级，送到洛阳。十一月，皇甫嵩又赶到下曲阳，伙同巨鹿太守冯翊强攻在这里固守的黄巾军，起义军首领张宝战死，下曲阳失守后，被杀害的黄巾军达十万多人，皇甫嵩为发泄对农民军的仇恨，在下曲阳城南把被杀的农民军的尸体集中起来，筑成一个大土堆，名曰"京观",以恐吓农民，炫耀武功黄巾农民大起义从中平元年(公元184年)二月爆发
到十月失败，共战斗了九个月黄巾起义的主力失败后许多地区的农民起义军坚持战斗，以、青州徐州、益州等几支最为活跃战斗在冀州西部山区的"黑山军"人数多达上百万，他们在黄巾主力失败不久便纷纷起义，坚持斗争十余年，对东汉政府打击很大，这支起义军包括了许多名号不同的队伍，如黄龙、左贤、郭大贤、于氏根、青牛角、张白骑、左髭、丈八、雷公、李大目、白绕、罗市等。起义军的名号不少来自其首领的绰号，声音宏亮的叫雷公，骑白马的叫张白骑，动作敏捷的叫飞燕，大眼睛的叫李大目，等等。
各支起义军人数不等，"大者二三万，小者六七千".各起义军之间定的联系，起初他们共同推举张牛角为帅。张牛角战死后，又举张飞燕为帅。这时东汉政府对农民起义由武力镇压改为诱降的策略，张飞燕意志不坚定，接受了东汉政府的招抚，被封为平难将军。188年，郭泰领导的黄巾军余部在西河郡白波谷起义，称白波黄巾。同年春天，汝南、颍川的黄巾军再度起义，攻占郡城，声势大。同年，在益州绵竹(今四川德阳北)爆发了马相、赵袛领导的民起义，起义军自号"黄巾",他们攻杀县令、刺史，旬日之间，连三郡，队伍扩展到十万余人，马相称天子，建立政权，声威大震。
同年十月，青州、徐州人民再次爆发起义，提出"汉行已尽，黄家当立"的口号，称"青徐黄巾军".参加起义的人数多达百余万不过，青徐黄巾军多为破产农民组成，随军家属很多，行动不便，粮食供应也很困难，结果在济北之战中被曹操打败。曹操将其中的精锐收编为青州兵，增加了他的军事力量。大规模的黄巾农民起义到此基本结束在东汉末年的农民起义中，除了黄巾军以太平道的宗教形式出现外，还有以五斗米道组织的起义军。
五斗米道亦称天师道，其传教方式和太平道基本相同，凡入道或医病者出五斗米，遂称"五斗米道".其首领是张修。184年，张修乘黄巾起义之机，在巴郡利用五斗米道发动和组织群众起义五斗米道的另一位首领是张陵。他于汉顺帝年间在蜀郡传播五斗米道，拥有大批信徒。张陵死传子张衡，衡死传子张鲁，191年，张鲁与张修联合，率众攻占了汉中，杀太守苏固，打败当地的豪强武装，但后来张鲁与张修发生矛盾，张修被杀。
张鲁又出兵攻占巴都，建立了以汉中为中心，包括巴蜀部分地区在内的农民政权张鲁政权是政教合一，劳武结合的。他有自己的经济、政治網领，不设官吏，以宗教首领"祭酒"管理内务。在辖区内实行义舍制度，义舍建在路边，舍内备有米肉等食物，免费供应行人吃住，目的是减轻民众的生活痛苦和招徕关中地区的流民，壮大自己的力量张鲁还用教育与惩罚相结合的办法处理内部问题，对犯法的人以说服教育为主，教育三次还不改正的才处以刑罚。对违法较轻的人仅罚以修路。这些制度和措施在一定程度上反映了苦难农民对安定、和谐生活的向往，因此受到民众的欢迎，"民夷便乐之",有数万户流民归附张鲁。至建安二十年(公元215年)，曹操大举进攻汉中，张鲁投降了曹操在农民起义打击下，东汉政权已名存实亡了。
