隋炀帝杨广逝世后，各方势力争相夺权，但都打着隋朝的旗号。例如，李渊支持隋炀帝的儿子杨侑作为新帝，而宇文化及则支持秦王杨浩。萧皇后身为皇室成员，也因此得以保全，被宇文化及软禁。窦建德为了为隋炀帝报仇，攻打宇文化及，并将萧皇后迎入自己的阵营。然而，正史中并没有记录萧皇后曾经成为杨侑或杨浩的妃子。
萧皇后被指控与父子两代突厥番王有关系的说法，也纯属造谣中伤。在萧皇后前往窦建德处不久，她的堂妹义成公主说服她的丈夫突厥处罗可汗，向窦建德施压，使萧皇后和她的孙子杨政道被立为隋王，同时将一万多中原人交给杨政道管理。在东突厥境内，他们仍然实行隋朝的制度，这一时期被称为“后隋”。尽管萧皇后在突厥期间长达10年，但《北史》和《旧唐书》中都找不到她被两代突厥王立为妃子的记载。
公元630年，唐朝灭掉了东突厥，萧皇后和杨政道被恭恭敬敬地接回长安，受到了优待。当时萧皇后已经63岁，而隋炀帝与她生的小女儿已被李世民立为妃子。如果唐太宗真的将萧皇后纳为昭容，然后在她去世后与隋炀帝合葬，那不是让自己难堪吗?
萧皇后在长安度过了18年平静的生活，公元647年去世。唐太宗按照皇后的礼仪将她与隋炀帝合葬在扬州，谥号为“愍”。萧皇后被视为美貌贤德、受人敬重的女性，能够活到80多岁也算是长寿有福之人。
