武德九年六月四日，即公元626年7月2日，秦王李世民向唐高祖李渊告发李建成和李元吉的阴谋。听了李世民的的告密之后，李渊决定次日当面询问李建成和李元吉两人。当李建成获知阴谋败露之后，决定先进入皇宫，进而逼迫李渊表态。
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可是李建成没想到，在他的背后有个人已经向他举起了屠刀，“六月四日，公谨与长孙无忌等九人伏于玄武门以俟变。建成既死，敬德领七十骑蹑踵继至，元吉走马东奔，左右射之坠马。太宗所乘马又逸于林下，横被所繣，坠不能兴。元吉遽来夺弓，垂欲相扼，敬德跃马叱之，于是步走，欲归武德殿，敬德奔逐射杀之。及斩建成、元吉，其党来攻玄武门，兵锋甚盛。公谨有勇力，独闭门以拒之。以功累授左武候将军，封定远郡公，赐实封一千户。”这就是历史上赫赫有名的“玄武门之变”。
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玄武门之变的参与者有，李世民、长孙无忌、尉迟敬德、侯君集、张公谨、刘师立、公孙武达、独孤彦云、杜君绰、郑仁泰、李孟尝。注意，这里面少了一个人，谁呢?秦叔宝!众所周知，秦叔宝是李世民当年麾下排名第一的猛将，为何他没参加这场事关李世民生死的大事呢?
史籍《旧唐书》里这样评价秦叔宝，“(秦叔宝)随李世民，讨伐王世充、窦建德、刘黑闼，每战身先鏖战，前无坚对。每当对手阵营中有骁将锐士震烁出入以夸众者，秦王则名叔宝往取之，跃马挺枪刺于万众中，莫不如志。”秦叔宝如此勇猛，跟随李世民东征西讨，无往而不利，他没理由不参加策划“玄武门之变”，这显然不合逻辑。
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关于秦叔宝为何没参加“玄武门之变”，史书中没有记载，只知道事后秦叔宝获得的封邑是七百户，跟尉迟敬德的一千三百户相比，可能用“可怜”两字来形容。但是笔者认为，“玄武门之变”从策划到发生这段时间，一定是秦叔宝一生最为纠结的时刻。秦叔宝本来不太支持杀掉太子，因此他不会动手，但他也深知自己是无法组织李世民的，因此左右为难。
就在秦叔宝为难的时刻，“玄武门之变”发生了，木已成舟。不过魏征曾评价了秦叔宝在“玄武门之变”前表现反常的原因，“秦琼是国之栋梁，是社稷之臣。是良臣而不是所谓的忠臣，他是忠于国家，忠于社稷，而不是忠于个人。”
