1271年,忽必烈定国号为大元,正式即位为皇帝,并开始实施南下攻打南宋的计划。此时南宋占据着临安等地,忽必烈极其需要一条通道,来把南方的粮食运到北方。蒙古人作为骑在马背上的游牧民族,一向惯于陆地作战,他们向南方进军时,亦聪明地懂得如何利用海洋，他们不仅收纳了背叛的南宋海军,拥有规模庞大的海洋战舰,大型的海洋货船;还从利用海盗建立了从东南亚至波斯湾的海外贸易,以及一个稳定的海上粮食运输系统。
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长江出海口处有几个岛屿,其中最大的一个为崇明岛。崇明岛四面环水,易守难攻,13世纪的时候已不受宋朝政府的控制,成为海盗的自由天堂。13世纪中叶,此地有两个著名海盗:朱清和张瑄,他们率众“啸众剽劫”,贩卖私盐,掳掠富商巨舶,最多时曾纠集海盗近千人,船只五百艘,活动范围南至通海,北至胶东半岛和莱州湾,后被南宋招安。
1273年,朱清和张瑄背叛南宋,成为元水军的重要力量, 朱清被授予代理管军千户的武职。三年后,这两个海盗接到了一个任务:运送南宋库藏。那一年,元军攻占了临安,南宋降臣建议丞相伯颜把南宋的库藏,包括档案、图表、祭祀器具都运送到当时元朝的首都元大都来,以备修宋史时用。但当时的淮东地区仍在南宋将领的控制之下,所以,伯颜想到了海道运输,他将此任务交给朱清和张瑄,并获成功。
六年之后,通过大运河运到北京的粮食迟迟不到,而且内河粮运的运费昂贵,伯颜因而想起1276年经海道搬运宋室库藏的事。伯颜将此法上报忽必烈后,忽必烈权衡了不同漕运方案的利弊得失,决定采纳丞相伯颜的建议,下令建造60艘海船,招募大量熟悉海上情况的船工、船员,任命朱清、张瑄为海道运粮万户,负责海上漕运。
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1282年元朝政府的60艘平底船建造已毕,在朱清和张瑄的主持下,漕船在今天的江苏省太仓县浏河装粮,大船装载1000石,小船装载300石,60艘平底海船共装运漕粮4.6万石。船队离开港口以后,经扬州,过海门县以东的黄连沙咀和万里长滩,然后向西北航行,到达淮安、盐城县,再往北行,沿着漫长的海岸线一直北上,在今天的山东荣成地区折转向西航行,到达登州古港,继续西行进入今天的海河口,整个航程历时四个多月,所有粮食于1283年3月到京。数目虽不足观,却有了一个很好的开端——这次航行证明了海路运输粮食的可行性。当时张晃为有一句诗“国初海运自朱张,百万楼船渡大洋”,就是形容当时海上运粮的情景。
出航成功使得元朝统治者对海上漕运更加重视,至元二十年(1283年),朝廷建造漕船2000艘,至元二十二年(1285年),又增加了3000艘,全部投入漕粮运输。海运漕粮的数量逐年增加,到了至元二十七年(1290年),漕粮年运量达到了159万石。此时忽必烈正一心想入侵日本和占婆(今越南南部),需要大量船只和水手,而且当时元朝的经济力量还无法建造适合大量运输大宗货物的平底船。所以他决定依赖商人和海盗来完成这危险的海上航行。
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他把组织人员运粮的任务全权交给朱清和张瑄。两人有选择人员的权力,甚至不经朝廷的批准就可授予官职。13世纪80年代早期,建造一艘排水量在1000料(料为古代测舟船之载重单位)的大船的花费,大约是100锭,而1000担米的运费是170锭,利润如此之高,海路商人们当然不会错过时机。因此朱清和张瑄手下马上聚集了盐商、盐工、船主,渔民、漕运官员和水手几万人,两人也邀请东南沿海的海盗加入。
这项政策给了商人巨大的利润空间,鼓励商人多方参与,最后粮食运输取得空前成功。半个多世纪里,海路都是元大都粮食供应的主要途径,到1341年达到了最高峰,运送米的数量达360万石,在中国的历史上是空前的。
