1945年9月10日，法庭进入个人辩护阶段，按英文字母的顺序，第一个是荒木贞夫，其次是土肥原贤二，接下来是桥本欣五郎、畑俊六……10月14日，终于轮到木户幸一出庭，他的美籍辩护律师省略了开头陈述，直接让木户幸一登上证人席陈述供词。 木户作为战犯被关进监狱后，想到自己作为天皇的亲信，曾努力说服天皇避免战争，并且自己也有亲英美倾向，日本发动侵略战争，完全是军部的军国主义分子及部分国家主义的政治家推动的，自己应该是属于无罪的那一类吧。他曾将这些内容写成一份自供书，提交给了审判长韦勃。所以当审判长韦勃在宣读完起诉书，询问木户是否认为自己有罪时，他显得很愤怒的样子，高声回答：“无罪。”“对于起诉书中对我的54项指控，我不能说自己完全无罪，但需要有确凿的证据来证明我有罪，请法庭出示证据。”木户的供词长达373页，详述了他从“三月事件”、“十月事件”到“满洲事变”、“日中战争”以及结束战争期间，如何反对军部专横，如何为和平作出了努力，其结论就是他没有战争责任。木户列举的证据就是他的日记。随后，他的美籍辩护律师也为木户做了长篇辩护。
木户的证言引起多数军人被告的恐慌，他们群起对木户进行反击。但重光葵、南次郎、畑俊六、小矶国昭、白鸟敏夫等七名被告的律师则对木户的证词表示好感，甚至直接询问木户，想找出对他们更有力的证据;大岛浩、东条英机、板桓征四郎等被告则坚决反对。一时间被告之间产生了深刻而又微妙的相互排斥的关系。木户站在证人席上，他的儿子则在辩护席落座，父子同台在法庭上与法官对峙，实属少见。
到了快要宣判的最后时刻，基南检察官宣布25名被告全部有罪，而且要严加惩处。木户的罪行由起诉书上的54条减至50条。即便如此，木户仍成为与东条并列，成为战犯中罪名相等的两人。为了防止战犯服毒自杀，从法庭回到巢鸭监狱后，又进行了一系列严格的身体检查。战犯们在楼道里脱光衣服，在医生的带领下进行X光透视、牙齿检查及身体各部位的检查。房间也重新作了调整，木户搬到了一栋二楼。紧靠入口的一号室是重光，其次是平沼骐一郎、南次郎、佐藤贤了，中间是东条英机，靠里边的是畑俊六、小矶国昭、土肥原贤二、广田弘毅。木户的11号室紧挨着东条，住在12号室的是板垣，然后是田、东乡、松井，周围都是些“大人物”。东条的门前有三名宪兵昼夜监视，他是25人中罪孽最深重的一个，且必死无疑。木户的房间紧邻东条，他预感到自己的前途极不乐观。
在等待判决的日子里，每个战犯心里都忐忑不安。一天，木户幸一与重光葵聊天：“我估计有1/3的人要被判处极刑。”重光对此不以为然：“我看不然，日本的情况与德国纳粹不同，即便有极刑也不过1/6以下。”木户推测：剩下的25名甲级战犯中可能会有8人被处以极刑。他预感到，即便7人中有2个人，那么他也难以逃脱。11月12日，终于到了最后判决的日子。开庭前，木户幸一见到了他的儿子木户孝彦。木户孝彦在前晚询问了中国中央通讯社的李嘉及内外十几名记者，他们几乎都认为木户幸一必定是死刑无疑。“哦，知道了。”木户幸一听罢，静静地点了点头。 9时30分，远东国际军事法庭开庭。韦勃审判长开始宣读判决书。就在马上要开庭的时候，木户孝彦在二楼的休息室里看到中国中央通讯社的李记者，李飞奔过来对木户孝彦说：“我问了梅汝璈法官，据说你的父亲被免于死刑。” “真的?”由于过于意外，木户孝彦一时竟说不出话来。李记者还告诉他，下午将宣告判刑的内容，死刑的有东条、板垣……无期的有木户……对木村和重光的处罚尚未决定，要中午开会研究。不一会儿，传来《纽约时报》和中央通讯社取消原定去木户家拍摄鹤子夫人收听审判结果的行动，由此看来木户被免除死刑应该是真的。中午11点休庭，孝彦以律师的身份要求与木户见面，他把这一喜讯悄悄地告诉了父亲。“是吗……”木户幸一看着孝彦，轻轻地点了点头，与平时一样，看不出任何变化。 下午1时30分，法庭再次开庭，审判长按着英文字母顺序，宣读对每一个战犯的判决。木户幸一被判处无期徒刑。11个法官的表决结果，决定了他的命运。六票对五票，木户幸一仅以一票之差“幸免一死”，被判无期徒刑。
木户认为无期等于无罪。他说：“内务大臣无罪，陛下也就无罪;内务大臣有罪，陛下也就有罪。”内务大臣有罪必然追究天皇的责任，为了避免这一点，木户拼死为自己辩护。他觉得他的努力没有白费，常侍辅弼的内务大臣不是死罪，那么他背后的天皇自然也不会被殃及。好一个“天皇忠贞不贰的臣子”!宣判后，木户幸一等人又搬到了原来的女囚监区，通称“蓝栋”。这里实行自治的生活，白天铁门开放，吃饭时，犯人可同桌就餐。木户每天围着运动场散步，有时一天能转上95圈，上下午各四公里。一周后，木户孝彦与木户幸一会面，他向父亲转达了天皇和高松宫的问候。判决后的第九天也就是21日，报纸刊登了基南法官的讲话：“没有审判天皇，是联合国出于政治目的决定的，这一决定就连苏联的斯大林首相也是同意(但并非本意)的。作为首席检察官，我认为起诉天皇为战犯，证据不足。而事实证明，天皇始终都是希望和平正在接受宣判的木户幸一的……”基南在讲话中，对于近年来人们谈论的焦点——天皇的退位问题没有触及。
