934年10月初，长征就要开始了。邱会作发现国家保卫局派来的特派员表情很蹊跷，一直死死地盯着他，上厕所也一步不离。因为邱知道红军的全部实力和红军准备退出中央苏区的机密，怕他开小差，于是决定将他彻底"保密"，只要保卫局的死刑命令一到，行刑队就动手。一天黄昏，突然冲进来几个人，把邱绑了，国家政治保卫局执行部部长张炎和展示了邓发签署的处决手令。
邱连喊冤枉，但没有用。凑巧在押解执行的路上，周恩来、邓发、叶季壮三人骑马迎头而来，叶季壮见状大吃一惊，立即问周恩来，周恩来也有些惊愕，但没有说话，只是面向邓发，邓发向周恩来挤挤眼睛，示意是按老规矩办。邱会作则死死地盯着周恩来。周恩来略加思考，对邓发说："他还是个孩子!交给叶季壮带回去吧。"邱被松了绑，跟在叶季壮马后，跑回供给部。叶季壮又给周恩来打电话，埋怨杀人连个招呼都不打。一会儿周恩来打来电话，要叶季壮和邱会作立即到他那里去。到了周那里，看见张炎和也在。邱没有进去。过了一小会儿，叶季壮和张炎和出来了。
周恩来看见邱会作，握了握他的手说，决定免他一死，还要特别保护，带着一起长征。并交待，对曾想处决的事要绝对保密。1936年军委总供给部驻在延长永坪，邱会作任粮秣处长，同周恩来住在一个大院里，李克农、邓发等人也在一起。几个人在周恩来办公的大炕上看报聊天，一次无意中谈到了瑞金的生活，
李克农问邓发："长征临出发之前，你为什么要把邱会作抓住杀掉，难道就因为他多知道了些机密吗?要不是周副主席，阎王那里就多了一个鬼。"邓发略有羞愧地说："那件事的起因你都知道，幸好没有造成千古之恨!"周恩来为邓发开脱："离开江西之前，杀了一些不应该杀的人，当时我们都有责任。没有杀了他，是叶季壮坚决不同意，否则要等到杀掉之后才汇报上来，那就晚了。现在大家对乱杀人的事很痛恨，这是我们党一个最为惨痛的教训。"后来在延安，周恩来对邱提起这件事："你当时直盯盯的眼睛望着我，给我的印象很深!"邱会作晚年完成的回忆录记载了此事。他感慨：叶季壮一个争辩，周恩来一道命令，把我的脑袋保留下来了!让我多活了七十年
