二战初期做为美国殖民地的菲律宾一切都是那么安全，但是到1941年日本攻打珍珠港，美国对日宣战，太平洋战争开始，菲律宾就成为日本第一个入侵的东南亚国家。
图为1941年底马尼拉街头日本商贩的购物中心，这时还没遭到日本人轰炸和入侵。
1941年12月日本发动珍珠港袭击，美国殖民地菲律宾也同样被日本狂轰滥炸。1941年12月8日9时,日本陆海军航空队500架飞机从台湾出动对吕宋岛美军航空兵基地进行轰炸,一举将美军在马尼拉附近的克拉克和伊巴机场上的200架飞机炸毁一半。其中,对日军威胁最大的“空中堡垒”B17式轰炸机2/3被毁于地面,日军取得了空中优势。同时,日军以1个营攻占了吕宋岛以北的巴坦岛，后吕宋岛在1942年被日军占领。
之后美军撤退到澳大利亚，日本统治菲律宾一直到1945年，这年1月9日美军准备登陆，但这一次登陆失败。1月15日美军第二次登陆，在马尼拉西南成功登陆。到1月31日，美军第11空降师的两个团实施空降行动，攻占一座桥梁及之后向马尼拉前进，2月3日，美军第1骑兵师攻占了横跨流入市内巴石河上的桥梁，准备收复马尼拉，2月4日美军伞兵攻入马尼拉，但日军实施疯狂的屠杀，导致美军一直到2月23日才收复。
1945年2月底，美军占领下的马尼拉大都会剧院。由于马尼拉战役时日军疯狂大屠杀，毁坏马尼拉所有桥梁及其基础设施，在美军占领之后马尼拉一片废墟。
1945年3月，战争结束后马尼拉房屋残骸的物品。
日军在马尼拉被击败之后，菲律宾幸存者在市区的圣克拉拉修道院被美军营救。美军强攻马尼拉时，日军对菲律宾进行大屠杀，直到2月23日美军夺回，据知被屠杀的菲律宾人高达十万人。
1945年马尼拉战争后，马尼拉街头的抗日标语。用汉字写着“攻进日本会师东京”。
1945年马尼拉战争结束后，马尼拉的街道上挂着汉字抗日旗帜。
二战后马尼拉议会遭到严重破坏。
马尼拉1945年5月基亚波教堂和沦为废墟的马尼拉街道。
马尼拉战役后，马尼拉日欢迎美国军队回归，图为1945年马尼拉市政厅前圆盘的二战盟国旗帜。
1946年7月，马尼拉市中心的卢尔德大教堂和Recoletos教堂废墟。日军马尼拉战役时，在巴石河南岸肆意奸淫屠杀，烧毁了市内的教堂和众多公共建筑。
