明朝末年碰上了鼠疫明军死伤无数，为何入关清军却安然无恙呢?明末鼠疫虽然来势凶猛，但据史料记载，当时在京城的致死率是20%(一说为40%)左右(“十室九空”并非指全家死绝，更多的是举家逃走避难)。也就是说，多数人(包括患病后又痊愈)经过残酷的“自然选择”，还是生存了下来。
实际上，明末从万历年间就不断爆发区域性鼠疫，只是没有大范围扩散罢了。但随着小冰河气候所引发的旱灾越来越频繁和严重，加上当时税赋劳役负担也越来越重，导致百姓体质和抵抗力下降、官府防疫抗灾能力(包括意愿)不足，单一地区发生的鼠疫很快随着流民、农民军和迁徙鼠群被传染转移至其他地区，疫情由此急剧扩大，最终彻底失控。
换个角度来讲，只要措施得当，即便在明末那样的乱世也能有效控制疫情。史载，福建一名医在京城用“刺血法”(放血疗法)治疗鼠疫有奇效，每天排队上门求诊者多达万人(由于鼠疫对部分特定人群具有极高致死率，能够坚持下来得到救治的患者都属于体质比较强的)。现代医学研究表明，“刺血法”的原理在于通过对人体穴位进行反射刺激，促使淋巴细胞短时间内激增，从而彻底摧毁潜藏的病毒释放源，说白了就是用极端方法“激活”人体的免疫机制。
还有就是隔离，除了把患者单独关“小黑屋”和及时将死者尸体运出城妥善处置(这项工作甚至比救活人更重要)之外，大量百姓(多数是有免疫力的)外逃也让京城人口密度降了下来，从而进一步减轻了传染烈度。史载，崇祯十六年10月之后，京城鼠疫疫情就逐渐得到控制(严寒冬季也发挥了很大作用)，到来年4月李自成大军打到城下时，京城疫情已基本上过去，只不过后遗症导致明朝守军体质羸弱，已无心更无力抵御农民军的进攻。
至于清军，更是占了身处关外苦寒之地、远离中原疫情重灾区的“光”。清军大举入关并击败农民军进占京城之际，肆虐关内达10年之久的鼠疫已经落幕，而明王朝却在内外交困中崩塌，从这个意义上来讲，清军则趁势“摘桃子”取天下，这就是历史的吊诡。
