苏秉琦在重建中国史前史的过程中，已经感觉到要完成这一课题的艰难程度。但是，他在重建中国史前史中吸取的经典著作的思想、明确的“文明起源”的概念，以及形成的有关中国文明起源的一些新的认识，却拓宽了他的研究思路，为他重建中国古史框架铺平了道路;同时，也为他构建中国国史框架模式，找到了理论依据。所以，1991年之后，他在重建中国史前史的同时，又考虑了重建中国古史框架，进而探索中国国史问题。
重建中国史前史、重建中国古史框架、构建中国国史框架模式，是苏秉琦在20世纪90年代通过开展中国文明起源研究而发生的其学术研究的三步跳跃。这三次跳跃，使苏秉琦的学术思想形成了一个完整的体系。
1.苏秉琦对“上万年的文明启步”的认识过程：“上万年的文明启步”是苏秉琦的古史框架中的重要内容之一，他对此认识有一个反复的过程。
这种思想最早是在1991年8月谈《文明发端玉龙故乡——谈查海遗址》时表达的，如“查海遗址出土的十多件玉器，都是真玉，说明对玉的认识鉴别已有相当高的水平，玉的加工是高级加工，使用超越了作为工具和装饰品，而赋予社会意义，除一件玉锛以外，块、匕都是特殊用品，成套，而且集中出土。……查海玉器已解决了三个问题，一是对玉材的认识，二是对玉的专业化加工，三是对玉的专用。社会分工导致社会分化，所以是文明起步。”苏秉琦在这里是通过对玉器的出现来考察文明起步的。
这种思想早在1991年四五月间论述《关于重建中国史前史的思考》中已经萌发，则不过那时是作为从氏族社会向国家发展的转折证据提出的。如在该文中谈“从氏族社会到国家出现的历史”时指出：“阜新查海的玉器距今8000年左右，全是真玉(软玉)，对玉料的鉴别已达到相当高的水平。玉器的社会功能已超越一般装饰品，附加上社会意识，成为统治者或上层人物‘德’的象征。没有社会分工生产不出玉器，没有社会分工也不需要礼制性的玉器。因此，辽西一带的社会分化早于中原。”
苏秉琦主要通过对查海遗址距今8000年玉器的考察，针对玉器出现而提出的文明起步的思想，至1992年9月间论述《迎接中国考古学的新世纪》一文中明确提出“上万年的文明启步”概念时，根据新公布的资料，将农业的出现作为上万年文明启步的依据，此时的“上万年的文明启步”的思想是针对农业的出现而言的。如“农业的出现就是文明的根，文明的起源。这一起源可以追溯到一万年前到(一万)两千年前。证据是河北徐水南庄头发现了自一万年前至(一万)两千年前的连续的文化堆积，并测出了可信的连续的碳十四年代数据。在一万年前的遗存中已显现出石器的专业分化。这时期其他遗址(如虎头梁)的尖状器具备了多种安柄的形式，甚至连类似‘曲内’、‘直内’的石器也出现了。它们与后来‘勾兵’、‘刺兵’、铲、锄之类的金属武器、工具应具有源流关系。说明一万年前人们已掌握了对付自然的新型工具和新的技术，文明已经启步。”
苏秉琦将农业的出现、新型石工具的产生作为“上万年的文明启步”的思想，在1994年1月写《国家起源与民族文化传统(提纲)》时，即他的学术体系最终形成之际，又作了重新阐述。如他在该文中谈民族文化传统问题时概括了三项内容，其中第二项是上万年的文明启步。“‘国家大事唯祀与戎’，兵器、礼器是它们的物化标志，玉器是决不亚于青铜器的礼器。八千年前的玉器已发现多处，它们的原始应不下万年，它们的形制，有的直接延续到商周。”苏秉琦在此时是将玉器作为礼器来看待，并推测玉器起源于距今万年左右。所以，他又坚持了原来的看法，将玉器的出现作为“上万年的文明启步”。
这种认识上的反复，可能与他坚持认为辽河流域的社会发展比海河流域的早一个节拍、海河流域又比中原地区早一个节拍的思想有关。因为发现距今万年以前文化遗存的河北徐水南庄头遗址的地理位置位于海河流域。
2.苏秉琦对“由氏族向国家进化的转折”的认识过程
苏秉琦对“由氏族向国家发展转折”的认识，是在开展重建中国史前史中提出来的，并伴随着他的学术体系的形成，对“上万年的文明启步”认识的变化，对其认识也有变化。
其最初的认识是在1991年四五月间论述《关于重建中国史前史的思考》一文中谈从氏族社会到国家出现的历史时提出的。如“半坡、姜寨聚落可以说已达到了氏族制度发展的顶点。
也正是在半坡、姜寨所处的时代发生了氏族社会的转折，即由繁荣的顶点走向衰落、解体的转折”，他还从聚落形态与埋葬制度的变化、尖底瓶应是一种祭器或礼器、彩陶无疑是社会分工的产物等角度进行了论证。
苏秉琦的这一认识，显然与1986年、1987年探索中华文明火花爆发形式的研究成果有关。而至1992年9月论述《迎接中国考古学的新世纪》时，明确说明距今6000年是从氏族向国家发展的转折点。如在该文中论述20世纪五六十年代对仰韶文化研究时指出：“之所以特别看重距今6000年这个界标，因为它是该区从氏族向国家发展的转折点。这并不是说距今6000年前已出现了国家，而是说氏族社会发展到鼎盛，由此转而衰落，文明因素出现，开始了文明、国家起源的新历程。距今6000年，社会生产技术有许多突破，社会一旦出现了真正的大分工，随着就会有大分化，人有了文、野、贵、贱之分。酉瓶和绘有动、植物纹样的彩陶并不是日常使用的汲水罐、盛饭盆之类，而是适应专业神职人员出现的宗教上的特需、特供。再从聚落形态上看，姜寨所揭露的那个聚落平面是属于距今6000年前的。”
苏秉琦在此时明确提出了距今6000年是从氏族向国家发展的转折点，而在该文中论述国家起源与发展阶段三部曲时，将农业的出现、新型工具的产生作为“上万年的文明启步”的前提下，又提出辽西地区从氏族向国家发展的转折点是在距今七八千年。如他指出：“七八千年前的阜新查海和赤峰地区兴隆洼的原始文化所反映的社会发展已到了由氏族向国家进化的转折点，特别是查海、兴隆洼都发现了选用真玉精制玉器，它绝非氏族成员人人可以佩戴的一般饰物。正是在这一时代，玉被赋予社会意义，被人格化了。”
苏秉琦将辽西地区由氏族向国家发展的转折点的时间定在距今七八千年，比中原地区的转折点早一二千年，也是出于他坚持认为辽河流域的社会发展比中原地区的早的思想有关。在这种思想指导下，他对辽西红山文化后期的社会性质也就形成了新的认识。
3.苏秉琦对红山文化后期的社会性质认识的变化
红山文化：牛河梁中部积石冢全景
苏秉琦对红山文化后期以“坛、庙、冢”等遗存为代表的文化遗存性质的认识，自1983年7月以来，有过多次提升。其中，在1985年10月7日论述《辽西古文化古城古国》一文中认为，它“是中国早到五千年前的、反映原始公社氏族部落制发展已达到产生基于公社又凌驾于公社之上的高一级的形式”;在1986年7月前后写定的《谈“晋文化”考古》一文中认为，它“是燕山北侧史前‘北方古文化’发展到最高水平的标志(‘火花’)”;在1986年8月18日谈《中华文明的新曙光》一文中，在1985年10月的认识基础之上，又多了一句“这一发现把中华文明史提前了1000年”;在1986年10月5日论述《文化与文明》一文中，将它作为一种中华文明的火花;在1991年四五月间论述《关于重建中国史前史的思考》一文中仅提到：“8000年前阜新查海玉器以及其后红山文化‘坛、庙、冢’的发现，是辽河流域前导地位最有力的证明。”至1992年9月论述《迎接中国考古学的新世纪》一文中，围绕他对建立中国古史框架的阐述，将红山文化“坛、庙、冢”等遗存的文化性质确定为早期城邦式原始国家，即古国。如他在该文中论述“古国——方国——帝国”三部曲时指出：燕山南北地带“五六千年间的红山文化，特别是在它的后期，社会发展上出现飞跃。证据是凌源、建平、喀左三县交界地带的坛、庙、冢和成批成套的玉质礼器，特别是那座直径60米、高7～8米，顶部有冶铜坩锅残片的‘金字塔’，以及三县交界处在方圆数十平方公里的范围内只有宗教祭祀遗址而缺乏居住遗址的情况，以及赤峰小河西发现的一平方华里的‘城址’等，都表明，不论当时有无‘城圈’，社会确已进入了早期城邦式原始国家的阶段”。这是苏秉琦首次将红山文化后期以“坛、庙、冢”等遗存为代表的文化遗存作为古国来认识。
苏秉琦对红山文化后期社会性质认识的多次提升，最初是与他提出“中华五千年文明曙光”有关，而此时则是与他建立古史框架，即国家起源与发展阶段三部曲有关。
4.苏秉琦对陶寺文化的社会发展阶段的认识过程
山西襄汾陶寺文化遗存是苏秉琦晚年学术研究的重要对象之一。对陶寺文化社会发展阶段的认识，是形成他学术体系的极为重要的一个环节。苏秉琦晚年的许多学术活动大都是围绕陶寺文化遗存的研究而进行的。自1979年以来，他两次赴陶寺遗址考察，在近20篇论述中谈到陶寺文化遗存问题。并伴随着他开展中国文明起源研究、重建中国史前史和古史框架、形成学术体系的学术发展过程，他对陶寺文化社会发展阶段的认识，也有一个逐渐深化、提高的过程。
陶寺遗址，在正式发掘之前就引起了苏秉琦的关注，并在1979年春他考察陶寺遗址时，就遗址的分期、特征等问题，向发掘者做了重要提示，认为陶寺遗址不同一般。而他对陶寺文化遗存的正式论述，则是始于陶寺遗址第一阶段发掘获取重要成果之后的1985年3月6日，在“中国考古学会第五次年会”闭幕式讲话中，提醒大家重视早于距今四千年前重要发现时谈到了陶寺。后于1985年11月7日他在侯马召开的“晋文化研究会”上谈《晋文化问题》时指出：“……从陶寺起，方进入‘晋文化’正文。它是独一无二的，是北方、中原两大文化区文化汇合点上相互撞击发生裂变形成的一颗新星。‘磬和鼓’的组合不是一般民乐器类，它们是摆在厅堂或更隆重场所，作为礼仪性质的设施，其他如朱绘龙纹盘、成套朱黑漆木器、刀俎等都如此。它们是社会发展到较高阶段，文化发展到较高水平的产物。它们是中原夏商周古典文化出现前的一个历史时期。”又于1985年11月14、15日他第二次考察了陶寺遗址之后，在侯马作关于陶寺文化特点、资料整理与报告编写、晋南考古课题的长篇报告时指出：“陶寺遗址的发现，为中国考古学增添了重要的一页。尽管暂时还没有挖到城，还没有发现城墙或大型夯土建筑基础，我仍然认为，这里就是一处古城。道理很简单：一般的村落遗址不会有那样的墓群，达不到那样高的水平。……特磬同鼍鼓是配套的，演奏时可以和声。不能视同一般的乐器，这是陈于庙堂之上的高级乐器，庄严的礼器。普通的村庄，怎么能有这样的重器?鼍鼓、特磬的出现，突出地表明了陶寺遗址的规格和水平。”他还于1986年7月前后写定的《谈“晋文化”考古》一文中指出：“陶寺遗址的文化特征因素明显区别于山西省境内同时期其他遗址，它所反映的社会发展水平是国内其他同时期遗址所难于比拟的。”
以上是苏秉琦在开展中国文明起源研究之前对陶寺文化遗存社会发展阶段(水平)的认识，主要认为陶寺是一处古城遗址，社会发展到了较高阶段，文化发展到了较高水平，但没有给予定性。而通过开展中国文明起源研究，他对陶寺文化遗存的认识有了明显的加深。
中华文化六大区系论
苏秉琦发表的《关于仰韶文化的若干问题》、《关于考古学文化的区系类型问题》(殷玮璋执笔)、《考古类型学的新课题》等学术论文，就一些考古学文化的渊源、特征、发展途径等问题作了尝试性分析，对中国新石器时代文化的区域分布的格局、系统等问题，提出了创见，并对此赋予研究方法的意义，在考古学界有广泛影响。最著名的他的中华文化六大区系论，他把中华文化分为六个区域：
1、陕豫晋邻黄地区 2、山东以及邻省一部分地区 3、湖北和邻近地区(汉水中游区、鄂西区、鄂东区) 4、长江中下游地区(宁镇区、太湖区、宁绍区) 5、以鄱阳湖——珠江三角洲为中轴的南方地区(赣北区、北江区、珠江三角洲) 6、以长城地带为中心的北方地区(昭盟中心区、河套区和陇东中心区)
