太平天国内部的纷争并非仅仅在萧朝贵和冯云山死后才开始，实际上即便在他们在世时，这种情况也存在。那么如何能够看出这一点呢?实际上，早在杨秀清发动金田起义之前的一次生病事件中，就能够窥见端倪。
在萧朝贵执政期间，他采取了三种手段来打击和控制杨秀清：
首先是直接下令。1850年8月1日，萧朝贵在平南鹏化山约杨秀清一起对抗妖魔之后，直接下令杨秀清：“四哥，你先回去吧。我会停留几日，先制服这些妖魔，然后再回来。”从中可以看出，萧朝贵已经具备直接命令和控制杨秀清行动的能力。
其次是诋毁和中伤。在杨秀清病重期间，有关他是否能够继续担任东王的私下议论在上帝会内蔓延：“未识皇上帝之圣心，皆私议东王几成病废，以致有不知尊敬东王，反为裹读东王”。杨秀清的名声因此受到严重损害。这种舆论引导只能是萧朝贵所为，而这种舆论也只有在萧朝贵的默许下才能存在。
最后是孤立和压制。8月20日，杨秀清病重期间，韦昌辉受洪秀全之命希望将杨秀清带到花洲养病，但萧朝贵立即拒绝，并接连以“不去得’夕、“总不去得”、“总不妨”等话语拒绝释放杨秀清。很明显，萧朝贵之所以拒绝杨秀清离开的主要原因是为了孤立和控制杨秀清，防止他与洪秀全、冯云山以及地方势力结盟，同时确保金田作为上帝会的总部和指挥中心的地位稳固。
