明朝中期，即永乐年间，明成祖朱棣夺取皇位后，为了巩固自己的统治地位，采取了一系列措施。其中包括恢复了锦衣卫的办案权，并对其职责和编制进行重新规定。
朱棣不仅恢复了锦衣卫的侦缉和办案权，还新设了北镇抚司，进一步明确了北镇抚司和南镇抚司的职责划分。南镇抚司负责管理本卫的法纪和军纠，而北镇抚司负责处理皇帝指定的案件，拥有自己的监狱(诏狱)，可以自行逮捕和进行刑讯，无需经过司法机构的程序。
同时，锦衣卫的规模也进一步扩大，南、北镇抚司下设五个卫所，统领官员称为千户、百户、总旗、小旗，一般士兵称为校尉、力士，被尊称为“缇骑”。锦衣卫的人数在不同时期有所变化，最少时约有一千人，最多时甚至达到六万人。
然而，锦衣卫的职权过大，也容易成为以权谋私的工具。纪纲掌管锦衣卫后，充分利用办案权力来清除异己。例如，阳武侯薛禄与纪纲争夺一名女道士时，被纪纲几乎打死;浙江按察使周新则被纪纲诬陷为谋反罪并处死。
当然，锦衣卫仍然扮演着皇帝忠诚的角色。例如，内阁首辅解缙因参与太子的议立，得罪了汉王朱高煦，结果遭到朱高煦的诬陷，并被朱棣以“无人臣礼”罪下诏狱。随后，大理寺寺丞汤宗、宗人府经历高得、中允李贯、赞善王汝玉、翰林院编修朱纮、检讨蒋骥、潘畿、萧引高以及御史李至刚等人被连坐下狱，导致高得、王汝玉、李贯、朱纮、萧引高最终在狱中病死，而解缙最终也因朱棣的暗示，被丢在雪地活活冻死。
从明成祖朱棣重建锦衣卫到明宪宗即位之前，明朝中期的锦衣卫在职权上虽然有所扩大，但除了纪纲在位期间滥用职权之外，总体来说，其危害尚不算太大。锦衣卫仍然以代表皇帝意志为主要使命。在史料中所明确提到的最后一起大案件“金刀案”也发生在这一时期，但由于锦衣卫指挥使卢忠在关键时刻装疯，此案最终没有扩大化。
