菲律宾独立战争是1896—1902年菲律宾人民为推翻西班牙殖民统治和反抗美国侵略争取民族独立的战争，它是亚洲第一次资产阶级民族民主革命。
8月26日，在“不战胜毋宁死”和“菲律宾独立万岁”的口号声中，人民开始举行起义，菲律宾独立战争正式爆发。期间起义军主要使用旧式步枪、大刀、长矛、木棍和石块作战，且大多数人未受过正规的战术训练。此时，西班牙军队在菲只驻有1500人，其中700人驻在马尼拉，另有菲籍辅助军6000人，还有10艘军舰组成的舰队。西班牙军队人数虽然不多，但装备精良，训练有素，战斗力强。
菲律宾独立战争可分为两个阶段。
1896年8—12月为第一阶段。此间，菲律宾全民奋起，起义达到高潮。巴林塔瓦克、吕宋、棉兰姥和苏禄等地相继爆发了武装起义。起义中心在吕宋岛。菲地主和资产阶级保守派的代表艾米利奥·阿奎那多响应波尼法秀的号召，于8月31日在甲米地发动起义，打败了西班牙军，占领甲米地全境。
9月，击溃了西班牙阿吉雷指挥的军队。11月，起义军在诺维莱塔和比纳卡扬击溃了总督布兰科指挥的增援部队。这些胜利，极大地振奋了人民的斗志，各地起义军加紧进攻，几乎占领了吕宋岛全境，并包围了马尼拉。
1897—1898年为第二阶段。此时，菲律宾革命遇到了暂时挫折。西班牙当局为了加紧镇压菲律宾革命，于12月撤换了原总督布兰科，任命波拉维夏为菲律宾新总督。同时，从国内调来大批援军，并在菲组建由当地人组成的“忠诚志愿兵营”。此时，波拉维夏共有3.6万人。他计划以精锐部队集中攻打起义中心甲米地，切断甲米地与其他各省的联系，再各个击破其他地区的起义。
1897年2月，西军分兵三路向甲米地发起进攻。在敌人进攻面前，菲起义军奋起反击，扼制了敌猖狂进攻势头，毙伤敌军1150人，但终因力量对比悬殊，被迫撤退，西军占领了起义军的若干据点。4月23日，里维拉接任波拉维夏为新的菲律宾总督。然而，正当战争紧张进行之时，革命队伍内部发生了分裂。以阿奎那多为首的地主、资产阶级害怕农民革命会危及到自己的利益，为阻止革命深入发展，于1897年5月10日杀害了波尼法秀，篡夺了革命的领导权，并取消了“卡蒂普南”，起义阵营受到严重削弱。5月18日，西军占领甲米地全省，菲律宾革命政府迁到了布拉干的破石洞，继续领导抗战。起义军名将纳蒂比达在阿利亚加战役中击败了西军的进攻，在中吕宋7个省都建立了革命政权。
1897年11月2日，起义军成立了菲律宾共和国，并宣布了临时宪法，阿奎那多任总统。这时，总督里维拉看到镇压已无希望，便向起义者诱降。阿奎那多在殖民者和买办资产阶级的威胁和利诱下，欲与敌妥协，于12月14日与殖民当局签订了《破石洞条约》。阿奎那多从西班牙人处得到80万比索，同意缴械投降，自动解散政府，然后流亡香港。菲律宾独立战争遇到了暂时的挫折。但是，菲律宾人民争取民族独立斗争并未停止。起义军中不愿投降的将领马卡布洛斯等人率军反攻，解放了菲律宾中部的广大地区。
正当菲律宾人民同西班牙殖民者进行艰苦战争之际，美国发动了对西班牙的美西战争。这样，美国军队也参加了在菲律宾对西班牙的作战，并插手菲律宾独立战争。1898年5月2日，美国海军在马尼拉湾歼灭西班牙舰队。不久阿奎那多乘美国军舰返回菲律宾。阿回国后，即号召菲律宾军队向西班牙殖民军发起进攻。至5月底，菲军攻占了甲米地全省，全歼西军2800人，俘获西军司令培尼亚将军。6月12日(即今菲律宾国庆节)阿奎那多在甲米地发表独立宣言，宣布菲律宾独立，成立了以阿为首的中央政府。到1898年8月，除马尼拉和南部某些地区外，菲军几乎解放了全部领土。这时，美军却阻挠菲军收复马尼拉，在私下里同西班牙总督达成秘密协定，西班牙把马尼拉“转让”给美国，由美海军陆战队在马尼拉登陆，并迫令菲军撤出马尼拉地区。尽管如此，菲军在各地继续向西班牙军发动进攻。1898年9月15日，菲议会在马拉洛斯举行，制定了宪法。11月29日，菲律宾通过了宪法。1899年1月23日，菲律宾共和国宣告成立，阿奎那多任总统，马比尼任内阁主席。菲律宾共和国的成立，标志着西班牙在菲300年的殖民统治的结束。菲律宾独立战争中的反西班牙战争，以菲人民的胜利而告终。
然而，前门驱狼，后门进虎。此时，美国又开始大举入侵菲律宾。1899年2月4日，美军经过充分准备后突然向马尼拉市郊的菲军发动进攻。2月5日，菲律宾共和国向美国宣战，菲人民抗美战争(菲美战争)正式爆发。菲军民英勇抵抗，用正规战和游击战等多种方式打击敌人。三年内歼灭美军近万人。1901年3月，在美军的镇压下，菲南部各岛先后被美军占领。1901年3月21日，在菲律宾最后的首都帕拉南失陷后，阿奎那多被俘投降，并使许多游击区的司令斗志瓦解而缴械。菲律宾第一共和国失败，作为有组织的统一领导抗美战争告一段落。1902年7月4日，美国驻菲总督阿瑟·麦克阿瑟宣布：美菲战争结束了。但是，菲律宾人民斗争仍未止息。1903年至1908年菲律宾共爆发50多次大的武装起义，出现近390个反美组织。
