伦敦大瘟疫是一场1665年至1666年间发生在英国的大规模传染病爆发，超过8万人死于这次瘟疫之中，足足相当于当时伦敦人口的五分之一。该次的疾病后来被确认为是淋巴腺鼠疫，一种由鼠疫杆菌造成并以跳蚤为载体的细菌感染。伦敦大瘟疫与1347年至1353年期间侵袭全欧洲，并导致最少7,500万人死亡的黑死病相比规模要小得多，这场前后扰攘大约一年的流行病被人们形容为大灾难的原因，很大程度是由于它已经是英国本土最后一次广泛蔓延的鼠疫，之后随着英国政府着手改善地区卫生条件，鼠疫对英国民众的威胁也逐渐消失。
伦敦大瘟疫是英国本土最后一次大型的鼠疫传播，此前在1636年及1625年发生过的两次则分别夺去了一万和三万五千人的性命。当时英国的鼠疫爆发被认为是由荷兰带入的，因为该地从1599年起就多次出现鼠疫疫情，最初进入英国的病源很可能便是那些从阿姆斯特丹开出的运送棉花的商船，而阿姆斯特丹本身在1663年至1664年亦同样受鼠疫蹂躏，死亡民众不少于5万人。伦敦外围的码头地区以及圣贾尔斯(St. Giles)教区首先遭殃，在这两处地方生活的穷困工人成为了鼠疫肆虐的第一群牺牲者，由于社会最低下阶层的患者都没有被关注和记录，因此伦敦大瘟疫的首宗正式个案是在1665年4月12日确诊的女子丽蓓嘉.安德鲁斯(Rebecca Andrews)。
同年7月，疫病已经进入伦敦内城区，时任英王查理二世连忙带同家人和宫廷逃到牛津郡避难。虽然如此，伦敦市市府参事(the aldermen，地位仅次于市长)和其他主要当局官员都选择了谨守岗位，伦敦市长罗伦斯先生(Sir John Lawrence)本人亦决定继续留守在城中。当时伦敦市面上的绝大多数商业活动陷入瘫痪状态，因为富商们和各行各业的职人都已经纷纷撤离;只有少数品格高尚的牧师、医生和药剂师愿意留下来，在疫症肆虐的整个夏天里协助其他民众生活。决意留下来与城市共患难的民众里面还包括了日记作者塞缪尔·佩皮斯(Samuel Pepys)以及住在东伦敦的马鞍匠亨利·科尔(Henry/">Henry Foe):佩皮斯在他的日记簿里面记下大瘟疫时期伦敦生活的点点滴滴;而科尔的外甥恰巧是《鲁宾逊漂流记》作者丹尼尔·狄福(Daniel Defoe)，他在1722年推出的纪实小说经典《大疫年纪事》(A Journal of the Plague Year)便很可能源自当时亲历其境的科尔舅父的手稿。
当局的有关政策收效并不明显，根据记录指出伦敦的死亡人数仍旧在不断攀升，从每星期1,000名牺牲者升到每星期2,000人死亡。到了1665年9月以后，每周更有7,000人死于疫病之中。情况一直至到冬季降临才有转变，死亡人数开始逐步放缓。翌年2月，国王查理二世认为首都的疫情已经受到控制，于是便与一众随行人员班师返回伦敦。不过，由于英国在瘟疫期间并没有放弃外贸，中断与欧洲大陆的商务来往，使到法国在接下来的冬天马上遭殃，爆发出新一轮的鼠疫。
虽说疫情主要集中在伦敦市，但亦渐渐影响到英国的其他区域，最有名的例子包括打比郡的小镇亚姆。有争论指，瘟疫是在1665年8月跟着来自伦敦的衣料商人抵达当地的。村民们当机立断，随即自行实施隔离，断绝所有对外的运输往来和接触，以阻止这种疾病进一步蔓延，由于这做法收效良好，最终鼠疫的传播迹象在亚姆的周边地区开始减缓，没有再进一步向北侵袭。可惜的是亚姆本身却付出了惨痛的代价，村内75%左右的居民死于该场瘟疫之中。
伦敦区的鼠疫个案也没完全停下来，而是继续零星地出现。直至1666年9月2日的伦敦大火摧毁了伦敦市中心的大部分地方，持续了4日4夜的漫天大火连伦敦地标圣保罗大教堂也烧掉，大约在同一时间，鼠疫疫情亦告彻底消失。但现在普遍认为这只是一个偶发的巧合，鼠疫的灭绝与那场大火并没有直接的关系，因为它在火灾前就已经有绝迹的趋势;而且持续的零星个案都发生在伦敦的郊区地方，与受火灾影响的市中心位置并不吻合。
