明末鼠疫，又称明末华北鼠疫、京师大瘟疫、明末大鼠疫、疙瘩瘟，是指明朝崇祯帝在位期间中国北方出现的大鼠疫。
明代中期以后中国进入了一个空前少雨的年代，出现全国性的大旱灾。万历、崇祯年间，旱灾变得越来越频繁，大旱之年的比率也在增加。波及华北数省的大鼠疫首先在山西爆发。
明末大鼠疫开始于崇祯六年(1633年)，地点是山西。崇祯十四年传到河北，并随着李自成和清朝的军队传到更多的地区。崇祯十四年(1641年)，鼠疫传到北京，造成北京人口的大批死亡。
明末鼠疫这场大鼠疫使得“街坊间小儿为之绝影，有棺、无棺，九门计数已二十余万。”北京在1643年的8月到12月间，保守估计死亡人数已高达全城的五分之一。所以当次年的4月，李自成攻进大明帝国的都城北京时，他面对的是一座“人鬼错杂，日暮人不敢行”的死城。
上海交通大学历史学系教授曹树基根据华北地区明朝末年地方志以及一些明代人的记录，在其论文《鼠疫流行与华北地区社会的变迁》中，首次提出了明末席卷华北地区的瘟疫实际就是鼠疫。近十年之后，他与李玉尚合著《鼠疫：战争与和平》，对前期的研究做进一步的完善，提出了“老鼠亡明”的观点。
异常寒冷的气候频繁引发水灾、旱灾、蝗灾、鼠疫等，成为波及全国范围的大瘟疫，形成“水旱灾——饥荒——瘟疫”的恶性循环,成为明王朝崩溃的根本原因。
