惨遭镇压
1894年9月底，清军撤出朝鲜后，日本与朝鲜官军勾结在一起，把矛头转向东学军，对全罗道、忠清道一带东学军主力进行围剿。另一方面，全琫准愤于日本袭击景福宫，挟持朝鲜国王，也决心再次起兵，赶走日军，尽灭权贵，按照他被捕后对日本领事内田定槌的说法是：“其后闻则贵国称以开化，自初无一言半辞传布民间，且无檄书，率兵入都城，夜半击破王宫，惊动主上云。故草野士民等忠君爱国之心，不胜慷慨，纠合义旅，与日人接战”。全琫准的再起还与当时朝鲜的执政者兴宣大院君密切相关。大院君虽然被日本扶上台，但不甘心做日本人的傀儡，他表面上发文晓谕东学军解散，暗中命三南招募使李建永通过全琫准的姻亲宋喜玉向东学军下密旨称：“尔等自先王朝化中遗民，不忘先王之恩德，而至今尚存。在朝者尽附彼里，内无一人相议，茕茕独坐，仰天号哭而已。方今倭寇犯阙，祸及宗社，命在朝夕，事机到此，尔若不来，迫头祸患，是若奈何?”要求其立即起兵入京，驱逐日本人及亲日派。全琫准得知后，曾将该密旨轮示部下，并附上“自大内有密教，送召募使李建永到此边同义。而此说泄于倭，则祸及玉体，慎之，秘密”的一行字。可见全琫准的再起和大院君不无关系。
1894年10月初，全琫准将10万东学军集结在全罗道参礼驿，再次起义，史称“参礼起包”，其后攻克忠清道论山，用谚文传檄四方。全琫准在给忠清道监司朴齐纯的信中写道：“目今朝廷大臣，妄生苟全之心，上胁君父，下罔黎民，连肠于东夷(指日本)，致怨于南民，妄动亲兵，欲害先王之赤子，诚何意哉?竟欲何为?今生之所为，固知其极难，然一片丹心，至死不易，扫除天下之为人臣而怀二心者，以谢先王朝五百年遗育之恩。”表达了他驱逐日本侵略者与亲日卖国贼的坚定决心。崔时亨等“北接”势力迫于形势，不得不同意联合抗战。各路东学军陆续开往论山，与全琫准会合，人数达20万之众。全琫准在大多数东学道徒和东学军的支持下，于11月中旬率麾下的20万大军北上，在公州与日军和官兵展开激战。由于日军武器精良，东学军惨遭失败。1894年底，三南一带几乎全被官兵和日军所控制。各地两班、土豪也卷土重来，组织“民包军”、“守城军”，协助官兵与日军夹击东学军。那伙一度参加东学军的两班、乡吏，这时也都纷纷叛变、告密，捕杀东学军。
全琫准失败后，毫不动摇。1894年12月，他辗转至全罗道淳昌郡一带坚持斗争，积蓄力量，准备联络金开南等人东山再起。12月28日(阴历十二月二日)，全琫准等人转移至淳昌横兴山避老里，找到了曾经参加过东学军的金敬天。
不料金敬天被政府通缉全琫准的1000两白银所吸引，竟然叛变了。他故作热情地接待全琫准，又和另一名叛徒韩信善商议，决定在当晚袭击全琫准，并告知日本军。全琫准在那天夜晚发现被包围后，奋力突出重围，但不幸受伤，并被赶来的南小五郎的日军活捉。
朝鲜政府害怕人民劫狱，便将全琫准被关押在日本公使馆，由朝鲜法部官吏和日本领事内田定槌会审全琫准。敌人软硬兼施，时而严刑拷打，时而诱以高官厚禄。全琫准坚贞不屈，怒斥道：“你们是我的敌人。我是你们的敌人。我一心要除尽你们，整治国家。如今落入你们手中，要杀就杀，何须多言!我可死于敌人之手，但决不伏敌人之法!”他还在法庭上公然斥责日本的暴行，宣称“爱国的农民已经团结在一起，唯一的目的就是同你们的国家进行斗争。”1895年4月23日(阴历三月二十九日)，法部大臣徐光范宣判全琫准死刑。全琫准壮烈牺牲在敌人的绞刑架下，年仅41岁。就义前，他作诗并吟诵道：
时来天地皆同力，运去英雄不自谋。
爱民正义我无失，为国丹心谁有知?
这首绝命诗充分表达了全琫准为国为民奋斗终身、死而后已的精神。同时，也流露出一位农民革命领袖无力扭转乾坤的慨叹。
历史评价
当时的评价
全琫准在当时受到了朝鲜统治阶级的污蔑，在朝鲜政府看来，全琫准就是一个“假称平等而毁坏名分”、破坏封建秩序的大逆不道的乱贼。除了政府外，当时的著名文人学士如崔益铉、黄玹、金泽荣、朴殷植等都曾对全琫准进行激烈的非难，在他们的著作中称他为“匪首”、“贼魁”，比如黄玹称：“琫准等倡乱半载，三南涂炭，敢抗王师，力屈见擒，当用极律(指凌迟)，少泄舆愤，而乃以绞刑论死，失刑甚矣!”朴殷植的《韩国痛史》曾这样描述全琫准：“全琫准尤桀黠有谋，屡误官军以败之，专以迷信服其徒众，赴汤蹈火无所回避。尝谓其众曰：‘我有神符护身，虽处炮烟弹雨之中而无伤也，汝等观之。’乃时置弹丸数十颗于袖中，密教亲信者十余人，使之围立而丛射，实发空炮也。琫准自围中出，拂其袖，弹丸纷纷落地。众望见之曰：‘将军神人也!’于是其徒争佩其符而不畏枪弹矣。”可见当时朝鲜地主阶级是非常痛恨全琫准的。但是当时的百姓却对他十分崇敬和怀念，全罗道曾流传这样一首歌颂绿豆将军全琫准的歌谣：
蓝色的鸟儿，不要在绿豆丛中停息，
绿豆花落下时，将军会为此而悲伤。
后世的评价
后世朝鲜民主主义人民共和国一直对全琫准给予很高的评价，将他视为伟大的农民革命领袖;韩国在1970年以后也开始对全琫准高度评价，赞扬他为了建立平等社会和反抗日本侵略所进行的斗争，因此全琫准可以说是朝鲜半岛南北共同推崇的人物之一，朝鲜和韩国都曾发行全琫准纪念邮票。全琫准为朝鲜农民阶级的革命事业英勇战斗了一生。他所领导的甲午农民战争坚持了一年之久，是朝鲜人民从十九世纪末展开的反帝反封建民族解放斗争的序幕。它对封建统治者和外国侵略者的冲击，可以说是后来反日义兵运动和朝鲜爱国文化启蒙运动的先声。
由于历史与阶级的限制，甲午农民战争失败了。全琫准反封建并不彻底，虽然他提出“驱兵入京，尽灭权贵”，却并不想推翻朝鲜王朝封建统治，从而提出了“升平日月”、“澄清圣道”、“忠孝双全”、“大振纪纲，定立名分，以从圣训”等口号，甚至寄希望于国王生父大院君，因此“勤王主义”是其最大的局限性。此外他在军事上策略不足，没有建立巩固的根据地进行持久的斗争;在斗争中缺乏严密组织，也没有提出足以代替封建专制制度的政治纲领。但这些缺点都无法掩盖全琫准作为农民起义领袖的英雄业绩以及他在朝鲜民族解放斗争史上书写的光辉篇章。全琫准为祖国独立和人民自由而献身也将受到朝鲜半岛人民的永远尊敬与纪念。
