马耳他骑士团与马耳他共和国在今天是两个没有关系的政治实体。然而从名字上我们就能知道，二者在历史上有关系。
马耳他骑士团的全名是“耶路撒冷、罗得岛及马耳他圣约翰主权军事医院骑士团”，简称“医院骑士团”或“马耳他骑士团”。这么长的名字本身就是骑士团历史的浓缩。
马耳他骑士团的国旗和国徽
马耳他骑士团的前身是著名的医院骑士团，它成立于 1099 年第一次十字军东征之后。当时法国贵族在耶路撒冷的施洗者圣约翰教堂附近的医院里成立，主要目的是照料伤患和朝圣者，并保护医院设施，故而这个骑士团被称为“耶路撒冷圣约翰医院骑士团”。
随着朝圣者的奉献，骑士团发展迅速。1113 年，教廷承认他们是独立的修会，并赐予他们一系列的经济、政治特权，如无需缴纳十一税，无需接受任何政权的领导，只受教皇节制。
1120 年，法国人雷蒙·杜·皮伊继承首领位置，在他的带领下医院骑士团逐渐从保护朝圣者的医生、慈善修士转变为骑士和职业军人。同时，作为修会僧侣，医院骑士团远比普通十字军士兵更安贫乐道、纪律严明、吃苦耐劳，战斗力更强。
很快骑士团就成为耶路撒冷王国的重要军事力量，甚至能够影响王国的政局。这一时期医院骑士团与圣殿骑士团、条顿骑士团并称三大骑士团，在耶路撒冷王国拥有 7 座大要塞，140 多座其它建筑。
游戏中的三大骑士团
国王鲍德温四世去世后，大团长罗杰·德·穆兰反对居伊继任，可惜没有成功。在 1187 年哈丁战役中，医院骑士团也派出主力随同居伊参战，由于指挥上的失误，包括医院骑士团及圣殿骑士团在内的基督教军队几乎全军覆没，大团长穆兰战死。
《天国王朝》剧照，该电影反映了医院骑士团与圣殿骑士团的矛盾以及耶路撒冷王国内部混乱的政局，但与实际历史有较大出入
随后骑士团一直坚持到 1291 年才放弃巴勒斯坦并前往塞浦路斯。他们获得了塞浦路斯国王赐予的科洛西城堡及附近的甘蔗种植园和糖厂。
1309 年骑士团从拜占庭帝国手中夺取了罗德岛及周围岛屿。此后骑士团的名称又加入罗德岛。在这里，骑士团用海军阻止了穆斯林向东地中海地区的扩张。当 1453 年君士坦丁堡落入土耳其人的手里时，罗得岛是整个东地中海地区唯一的基督教力量。
骑士团在罗得岛的抵抗一直持续到 1522 年。当年，奥斯曼苏丹苏莱曼一世指挥 20 万军队乘坐着 400 艘战舰来到罗得岛，而岛上的骑士团只有 7000 名士兵，骑士团独立坚守了六个月，土耳其军队至少有五万人在战斗中丧生。最后骑士团与土耳其人达成协议，骑士团撤出罗得岛，返回欧洲。
今天罗德岛上的城堡
随后骑士团来到马耳他岛驻防，但他们并没有享受到安宁。1565 年，苏莱曼一世再次围攻马耳他，在大团长瓦莱特指挥下，骑士团粉碎了苏莱曼的进攻，与后来的维也纳战役一样，阻止了奥斯曼帝国从地中海向欧洲扩张，此后骑士团被称为“欧洲之盾”，保护南欧的安全和贸易。
1798 年 6 月 11 日，出任法国埃及方面军司令的拿破仑在进军埃及的途中取道马耳他。在强势的攻击下医院骑士团投降，拿破仑占领马耳他岛。岛上的修道院和教堂被法军洗劫，骑士团成员便四散开来，多数去往了俄国。俄国沙皇保罗一世承诺给予抵达俄国的骑士团成员庇护，骑士团则选举保罗一世为新的骑士团大团长。
保罗一世和拿破仑一世
离开了马耳他岛之后，骑士团就此失去了领土，但仍作为一个组织存在，1802 年，骑士团对马耳他岛的主权通过《亚眠条约》(Treaty of Amiens)得到英法等国承认，但从未被允许回到岛上。1834 年，医院骑士团在罗马重建总部，终于再次稳定下来。这时骑士团的军事使命已经完结，此后主要从事慈善事业。
自此，“马耳他”只留在了骑士团的名称中，而骑士团与马耳他岛已经没有实际关系。
没有了骑士团的马耳他岛，在被拿破仑占领后，于 1800 年又被英国占领，1814 年正式成为大英帝国的殖民地。1964 年 9 月 21 日，马耳他独立，并加入英联邦，成为一个主权国家。
马耳他共和国国旗国徽
中文世界经常传闻马耳他骑士团世界上领土最小的国家，因为它只有罗马的马耳他宫一栋大厦。
这实际上是对马耳他骑士团的国际法地位不清楚造成的。
马耳他骑士团确实有一定主权行为：签发护照、发放车牌、发行邮票和自己的硬币。但是骑士团自己并没有自己的主权领土。位于意大利罗马的马耳他宫和市郊的迪阿文丁山别墅两栋建筑所在地块都属于意大利领土，意大利只是给予这两栋建筑外交待遇和一定的治外法权。此外骑士团拥有的六个修道院和马耳他圣安吉洛城堡也属于用样的状况。
马耳他宫内景
当然，在建筑内意大利允许骑士团行使主权，故意大利与骑士团并无主权重叠。1991 年 6 月 24 日，教皇约翰二十二世批准骑士团的宪法宪章，其中包含最正式的重申主权。第一条申明“骑士团是一个由教廷正式宣布的法律实体，它有国际法主体的资格”。但联合国对骑士团的认定仍持保留态度，不把它归类为“非会员国家”或“政府间组织”，只是作为一个“收到邀请作为观察员参与的其他实体”。
