第一次十字军远征结束后，四个十字军国家建立起来了。(这四个国家分别为耶路撒冷王国、安条克公国、的黎波里伯国、埃德萨伯国。主要集中在现在的土耳其东南部以及叙利亚地区。)当时穆斯林的崛起威胁着这四个十字军国家。于是，罗马教皇组织起了几个僧侣骑士团，这就是历史上著名的三大骑士团，即医院骑士团、圣殿骑士团和条顿骑士团。
医院骑士团全称是"耶路撒冷、罗得岛及马耳他圣约翰主权军事医院骑士团"，又被称为马耳他骑士团，成立于1099年，最初是由法国贵族在耶路撒冷的施洗者圣约翰教堂附近的医院里成立，目的是照料伤患和朝圣者。他们的口号是"守卫信仰，帮助苦难。最初的标志是黑底白色的八角十字，到13世纪中期开始则普遍使用红底白色的八角十字，这种八角十字也因骑士团之名被称为"马耳他十字"。
14世纪初，在奥斯曼土耳其帝国的进逼之下，骑士团不得不于1310年移到地中海东部的罗得岛。1530年，神圣罗马帝国皇帝查理五世同意把马耳他岛及其附近的戈佐岛交给善堂骑士团管辖。于是，骑士团就在马耳他岛上建立了自己的国家，正式称为"马耳他骑士国"。
土耳其人对骑士团的卷土重来显然很不安，1565年，土耳其人派出大军进攻马耳他。:骑士团苦苦支撑，绝大多数城市都被摧毁，骑士团成员有一半战死。就在骑士团眼看要支撑不住时，从西班牙来了一支援军，战场局势顿时扭转，土耳其军队仓惶撤退，损失达到3万余人。这次大胜使马耳他骑士团国获得了一段时间的和平局面。1571年，土耳其人自以为海军发展得差不多了，再次起兵，企图消灭骑士团。但他们还没到马耳他，在海上就遇上了西班牙的无敌舰队，土耳其舰队几乎全被击沉或俘虏。此后马耳他骑士团国进入鼎盛时期，骑士团国的战船在地中海横行无阻。
骑士团在马耳他岛的统治一直持续到18世纪，1798年，拿破仑迫使善堂骑士团投降，占领了马耳他岛，岛上骑士团的教堂和修道院被法军洗劫一空。骑士团的大部分成员前往俄罗斯。在那里，俄罗斯沙皇保罗一世给予他们以庇护，而骑士团则选举保罗一世为新的骑士团大团长。离开了马耳他岛之后，骑士团失去了领土，但作为一个组织仍然存在。1834年骑士团在罗马重建总部，终于再次稳定下来。骑士团的军事使命已经完结，此后主要从事慈善事业。如今，马耳他骑士团仍然是联合国的观察员组织，它的总部设在罗马，享有外交权力，但是马耳他大厦主权依旧属于意大利，而不是马耳他骑士团。
