人物评价
孙中山在唁电上说：“仲元遽以创伤，伤哉!平日忠于国事，勇于奋斗，前途之望，正复无量。壮年遽殒，不止粤中惜此人材也。”
胡汉民在1935年追忆邓铿时曾说过一句话：“总理革命数十年，直接奉命为主义前趋之军人，当推仲元先生为第一人。”
邓仲元逝世当天，于下午3时入殓，其灵柩暂寄于广州永胜寺。4时出殡，灵车队伍多达40余辆。车队经过各街道时，各店铺皆闭户示哀，全城各机关均下半旗以志哀悼。
1922年3月24日，陈炯明以邓仲元“战功尤伟，治军严明”，上报大总统府，请求追赠邓仲元为陆军上将，并派总统府参军徐绍桢前往祭奠。
孙中山对邓仲元被刺身亡深为悲痛，以大总统的名义下令追授邓仲元为陆军上将，并亲致唁电：“电悉仲元遂以创死，伤哉!平日忠于国事，勇于奋斗，前途之望，正复无限。壮年遽殒，不止粤中惜此人才也!身后宜从优异。倘有所志未竟之事，亦企完成之，以慰英魂。临电不胜凄怆!”许崇智、蒋介石等粤军要员亦唁电致哀。
从1922年6月中旬开始，地址设于广州榨粉街门牌第十一号的邓仲元广州治丧事务处开始在《民国日报》刊登《邓故上将葬期及追悼会期通告》。根据通告，邓仲元于7月9日归葬黄花岗，16日在广东高等师范学校开追悼大会。
黄花岗七十二烈士陵园初建于1912年，有规定不得附葬，但有感于邓仲元在辛亥革命建功甚巨，孙中山特准邓仲元墓设于陵园之内。1923年3月23日，邓仲元死难一周年，国民党广东支部全体成员赴黄花岗致祭，由孙中山代表朱培德主祭。次年6月，孙中山亲书墓碣。
后世纪念
在黄花岗七十二烈士墓侧，有一座民国陆军上将之墓巍然壮观，这就是邓仲元墓。该墓有孙中山先生亲题的墓碑，还有胡汉民撰写的“陆军上将邓仲元墓表”碑，以及神采刚毅、手握指挥刀的军装立像。置身墓园中，仍能感觉到昔日粤军将帅的英勇气魄。
邓仲元遇刺身亡，广东乃至全国为之震动，社会各界纷纷追悼。孙中山对邓仲元“忠于国事，勇于奋斗”的革命伟绩和高尚品格给予高度评价，追赠其为陆军上将，特许其附葬于广州黄花岗烈士墓陵，并亲书墓碑。许多城市都有悼念活动。这份悼念，直至今天仍能让人深切感受到，比如在惠州，有惠州西湖荔浦风清的 “纪邓山庄”、惠州仲元医院、惠州仲元婴儿寄托所以及今天仍傲立丰湖的仲元亭;在广州，有庄严肃穆的邓仲元墓以及邓仲元铜像、仲元中学、番禺仲元实验学校和仲元图书馆等;在梅州，有仲元东路和仲元西路，还曾筹办过仲元职业学校等等，都是对邓铿永恒的纪念。
国民政府在1935年通过了《纪念邓仲元办法》，确定每年3月23日为“先烈邓仲元先生殉国纪念日”，并颁布优恤邓仲元遗族的训令。除此之外，国民政府还发行纪邓邮票、塑立仲元铜像、建造“仲元号”战舰以兹纪念。在广州、惠州、梅州等地，也先后建立以邓仲元名字命名的学校、医院、图书馆、亭园、街道等等。
中华人民共和国成立后，中央人民政府追认邓仲元为革命烈士。邓仲元的故居、陵墓等，被当地政府列入文物保护单位，立碑保护，拨款修缮，并召开各种纪念会、座谈会，缅怀和学习邓仲元的英雄伟绩和革命精神，以告慰忠魂，策励后人。
邓仲元墓
黄花岗最大附葬墓
邓仲元墓始筑于1922年7月，1924年重修，1927年增修，占地约3600平方米，坐西北向东南，有墓道门楼、铜像、乐台、八角亭、墓冢和墓表，规模宏大，是黄花岗烈士陵园中面积最大的一座附葬墓，1983年8月被列为广州市文物保护单位。
让人格外注目的是墓冢上建有一座8米高的仿西式古典风格的亭子，亭中央竖“邓仲元先生之墓”墓碑，孙中山题书。墓亭后是柱式纪念性建筑的墓表，镌刻胡汉民撰、陈融书的《陆军上将邓仲元墓表》。祭场左侧为邓氏夫人李顺春及其子邓伟东墓。
邓仲元铜像
著名雕刻家创作
1931年4月2日，邓仲元旧部、第八路军总指挥陈济棠以邓氏“对于党国勋劳各著”，去电呈请国府为邓仲元铸造铜像，蒋介石欣然应允。1932年，广东当局聘请上海著名雕塑家李金发到广州雕刻邓仲元铜像。李金发为了完成这项备受世人瞩目的任务，特别邀请了邓仲元的家人和故旧，在现场观看铸造过程，务求重现邓仲元原貌。1933年5月5日，广州举行盛大的铜像揭幕礼，铜像被安放于邓仲元遇刺的地方——— 大沙头广九车站。
邓仲元铜像身穿军大衣，头戴大檐军帽，右手叉腰，左手握军刀的全身塑像，再现了邓仲元的英姿。上世纪50年代，铜像移至黄花岗邓仲元墓园。
邓仲元邮票
两次发行邮票
1929年3月，《交通公报》第26期刊登交通部关于发行纪念邓仲元邮票的训令。同年，邮政总局发行纪念邓仲元的邮票，面额一分。1933年又发行北平版邓仲元烈士像邮票，三种面额，分别是半分、二分、四分。民国时期邮政总局一共为6名先烈发行了邮票，其中两个是惠州人，另外一个是廖仲恺。
仲元号炮舰
由造舰专家伍景英设计
1927年，时任广东军事委员会航务处处长的冯肇铭主持了新舰制造工程，将一艘60吨炮舰命名为“仲元号”。仲元号炮舰(又称邓铿轮)，由造舰专家伍景英设计，香港英商太古公司旗下的卑利船坞承造，1928年10月29日在香港下水。
仲元图书馆
仿北京文华殿富丽典雅
1927年，邓仲元旧部、国民党元老李济深提议创建仲元图书馆。该馆由建筑师杨锡宗设计，式样仿北京的文华殿，1929奠基，次年建成，位于广州市解放北路越秀公园越秀山镇海路。仲元图书馆为钢筋混凝土结构，富丽典雅，具有民族特色。1946年，广东省立艺术专科学校曾借为校址。建国初期，旧址曾为广州市博物馆。1957年，广州美术馆成立，以该馆作馆址。
仲元中学
蒋介石任名誉董事长
1934年春，为纪念邓仲元，广东创办仲元中学，校址在广州文德路广雅书局内(今广州中山图书馆附近)。首任董事长为辛亥革命元老胡汉民，著名政治家刘芦隐为第一任校长。胡汉民逝世后，由蒋介石为名誉董事长，余汉谋为常务董事长。1942年正式命名为“广东省立仲元中学”。1946年8月，广东仲元中学迁至番禺市桥镇西郊大沙地继续办学至今，是首批广东省一级学校。
惠州纪邓山庄
仲元亭是西湖一景
1929年，驻惠师长李务滋募万金收购惠州西湖荔浦风清一带的民居废墟建仲元别墅、植仲元林，名为纪邓山庄，1930年建成。1937年，邓仲元旧部李扬敬军长于纪邓山庄临湖处建仲元亭，成为丰湖一人文景观。邓仲元挚友张友仁为山庄题联：“问何时芒履板舆，大好湖山清梦冷;还依旧黄花浊酒，重阳风雨故人来。”2013年，仲元亭因修建莞惠城轨而被暂时移走，一砖一瓦被拆下保存在惠州博物馆地下仓库，择机将会在原址重建。
惠州仲元医院
免费为贫病者施医赠药
惠州西湖仲元医院，是1934年惠州各界为纪念邓仲元而设，此前已筹备数年，原本打算选址于南坛关帝庙一带，但涉及建设经费浩大，只好先将位于环城西路的长寿庵修葺暂用，先行设立第一施诊所，主要用于救济贫病者，免费施医赠药。据《香港工商日报》1935年8月16日记载，自1935年1月至7月间，该医院帮助了贫病者2428人。
惠州仲元婴儿寄托所
免费收养贫苦婴儿
惠州仲元婴儿寄托所依附于仲元医院，于1934年7月5日启用。该婴儿寄托所的宗旨是 “凡属贫苦之婴儿，其父母无力赡养者，或因有特别事故暂时不能自行料理者，均得来所寄托”，而且婴儿的“一切服装、食品、杂费等，均由本所供给，不受分文”。
